Ο Νομός Ηρακλείου έχει πολλά φαράγγια με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους πρόποδες του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων όρεων. Η περιοχή των Αστερουσίων έχει μερικά από τα πιο καταπληκτικά φαράγγια στην Ελλάδα, με πιο σημαντικό το Αγιοφάραγγο και τον Μάρτσαλο.
Ωστόσο, το φαράγγι του Αγίου Νικολάου με το μαγευτικό Δάσος του Ρούβα είναι το πιο όμορφο φαράγγι στο νομό Ηρακλείου. Άλλα φαράγγια στο Νομό είναι του Αλμυρού και του Καρτερού, κοντά στο Ηράκλειο, το Αστρακιανό, της Άρβης, το Κουναβιανό. το Ασκιανό, το Κνωσσανό και το Αστρίτσι.
Το φαράγγι του Αγίου Νικολάου, του Γάφαρη ή του Ρούβα, ορίζεται από τις κορυφές Αμπελάκια στα ανατολικά και Σαμάρι στα δυτικά. Πρόκειται για το σημαντικότερο φαράγγι του Ψηλορείτη και της κεντρικής Κρήτης και πήρε το όνομα του από το ομώνυμο Βυζαντινό εκκλησάκι στη νότια είσοδο του. Πρόκειται για ένα οικοσύστημα με πλούσια χλωρίδα και πανίδα, χαράδρες και ενδιαφέροντες γεωλογικούς σχηματισμούς και ορθοπλαγιές σπάνιας ομορφιάς.
